种子基金按照“政府引导、市区联动、更早更小、风险容忍”的原则运行。

　　（一）政府引导。加强种子基金的政策导向，充分发挥主管部门和财政部门在子基金和直投项目的政策目标制定、绩效评价中的主导作用，更好支持科技成果的产业转化。

　　（二）市区联动。灵活高效地发挥市区两级政府在经济社会发展和产业培育中的战略性调控职能，创新政府资金支持经济发展方式，形成财政资金出资合力，支持各类资本投向极早期初创企业或尚未实体运作项目。

　　（三）更早更小。鼓励子基金作为首轮外部机构投资于估值不超过1亿元的极早期初创企业或尚未实体运作项目，在项目源头方面充分体现政府意志，对更早更小的创业项目形成补贴性资金和投资性资金的联合助力。

　　（四）风险容忍。针对种子基金及参股子基金出现的亏损，只要不涉及违法违规、重大过失和其他道德风险，则对种子基金及其出资人、主管部门、管理机构、子基金及其管理机构以及上述主体的工作人员等均不予追究责任，并且不做负面评价。